L’activité de recherche clinique en microbiologie fédérée au sein de l’axe 3 IHP s’articule autour de 8 services hospitaliers du CHU de Clermont-Ferrand, incluant 5 services cliniques : Maladies Infectieuses, Pédiatrie, Médecine Intensive et Réanimation, Gastroentérologie, Chirurgie digestive ; et 3 services du Laboratoire de biologie médicale représentant les disciplines microbiologiques : Bactériologie-Parasitologie-Mycologie, Virologie, Hygiène Hospitalière.

Pour la plupart, les membres de 3 IHP font partie intégrante d’équipes de recherche labélisées dans le domaine de la microbiologie, permettant de mettre en œuvre des études de recherche clinique en lien direct avec leurs thèmes de recherche fondamentale. Ainsi, les membres de 5 services hospitaliers font partie du LMGE - Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement - UMR 6023 CNRS-UCA, au sein de 3 équipes qui développent des thématiques de recherche en lien avec des problématiques infectieuses humaines. L'équipe CMES travaille sur la formation des biofilms, et l’un de ses objectifs est de mettre au point des moyens permettant de limiter ou neutraliser la formation des biofilms sur des dispositifs médicaux (Pr SOUWEINE, Réanimation et Médecine intensive ; Pr LESENS, Maladies Infectieuses). En parallèle est analysé le rôle des biofilms dans la persistance et diffusion de mécanismes de résistance aux antibiotiques au sein des communautés microbiennes complexes (eaux usées hospitalières) (Pr TRAORE, Dr AUMERAN, Hygiène hospitalière). L’équipe EPIE interagit très étroitement avec l’activité du CNR entérovirus par l’une de ses thématiques portant sur des travaux d’épidémiologie moléculaire pour caractériser les souches d’entérovirus associées à des tableaux cliniques sévères, étudier les facteurs d’émergence de ces souches et leur diffusion spatio-temporelle (Pr HENQUELL, Dr MIRAND, Virologie). L'équipe IHP étudie la pathogénie du protozoaire Blastocystis sp. impliqué dans des troubles fonctionnels du tube digestif, et met en place de nouveaux marqueurs épidémiologiques et diagnostiques (Pr POIRIER, Dr NOURRISSON, Parasitologie-Mycologie). Les services de Bactériologie (Pr BONNET, Dr ROBIN, Dr DELMAS, Bactériologie), d’Hépatogastro-Entérologie (Pr BUISSON) et de Chirurgie Digestive (Pr PEZET, Pr GAGNIERE) travaillent dans l’unité M2ISH - Microbes Intestin Inflammation et Susceptibilité de l'Hôte - UMR 1071 INSERM-INRA UCA. Leurs principaux objectifs sont la recherche de nouveaux biomarqueurs et de nouvelles cibles thérapeutiques dans le cadre de deux maladies chroniques intestinales : la maladie de Crohn (MC) et le cancer colorectal (CCR). Pour atteindre ces objectifs, la cible privilégiée est le microbiote intestinal et plus spécifiquement la piste infectieuse à E. coli adhérentes-invasives (AIEC) pour la MC et à E. Coli productrices d’une génotoxine (colibactine) pour le CCR.

Le projet scientifique de l’axe est aujourd’hui concentré sur 3 thèmes :

• Évolution et résistance tumorale. Cette thématique est soutenue par les acteurs cliniques et biologiques impliqués dans la compréhension des mécanismes impliqués dans l’initiation tumorale et l’évolution clonale pourvoyeuse de résistance thérapeutique.
• Immuno intervention. Ces projets ont pour objectifs de comprendre et de détourner le système immunitaire anti-tumorale afin de mieux lutter contre les pathologies cancéreuses.
• Autour du Cancer. Ces travaux regroupent les projets ayant pour but l’amélioration des étapes de la prise en charge qui précèdent, accompagnent et font suite au traitement spécifique du cancer. Ce thème est fondamental dans le conditionnement des patients et leur suivi dans leur parcours après cancer. Il unifie les équipes intervenant dans l’optimisation de la prise en charge des patients avant et après intervention thérapeutique et les personnes impliquées dans la compréhension et le traitement des toxicités affectant le patient après la rémission (neuropathies toxiques, fertilité).

L’axe Cancer inclut les différents services hospitalo-universitaires impliqués dans la prise en charge thérapeutique spécifique des cancers. Sont également inclus les services impliqués dans le diagnostic des cancers (hématologie biologique, cytogénétique, plateforme de biologie moléculaire, anatomo-pathologie, imagerie) et leur prise en charge non spécifique (nutrition, fertilité, soins palliatifs, pharmacie).

L’activité de recherche clinique de l’axe Cancer du CHU est naturellement liée à la composante oncologie clinique du CIC 1405 et du CRLCC Centre Jean Perrin. Le GRACC (Groupe de Recherche Auvergnat en Cancérologie Clinique) a pour mission de concerter les activités et projets des deux établissements universitaires.

L’axe Cancer s’articule également avec les autres axes : Technologies Médicales (prise en charge guidées par l’image des pathologies cancéreuses), Nutrition (investigations concernant l’état nutritionnel des patients présentant un cancer.

Les Neurosciences sont depuis la précédente évaluation un des axes prioritaires de notre site universitaire. Sous cette terminologie se déclinent des réalités diverses en termes de domaine d’études, de populations cliniques explorées et de paradigmes expérimentaux. L’axe Neurosciences du CHU de Clermont-Ferrand regroupe 11 services dans les disciplines Addictologie clinique, Médecine Légale, Neurologie, Neurochirurgie, Odontologie, Pharmacologie et Psychiatrie. Elles comportent des praticiens hospitaliers, des ingénieurs de recherche et des enseignants-chercheurs (PU-PH, MCU-PH, PHU, CCA, AHU), intégrés dans des équipes labellisées par l’INSERM, le CNRS ou l’Université Clermont Auvergne (UCA). On retrouve les 3 équipes de l’UMR INSERM UCA 1107 (Neuro-Dol) qui se focalise sur la pathophysiologie et la pharmacologie de la douleur, l’EA 7280 de l’UCA qui porte sur l’exploration clinique et préclinique des dysfonctionnements des systèmes Dopaminergiques sous-corticaux dans des pathologies neurologiques et psychiatriques et l’équipe IGCNG intégrée dans l’UMR CNRS UCA 6602 (Institut Pascal) qui travaille sur l’intégration d’outils et de connaissances en cartographie cérébrale et connectomique, appliquée pour une approche clinique individualisée.

Le porteur de l’axe pour l’année Universitaire 2019-2020 et pour la période 2021-2025 est le Pr. Pierre-Michel LLORCA.

Les thématiques de recherche de l’axe correspondent, de façon cohérente, aux thèmes de ces équipes. L’axe Neurosciences comprend 3 thématiques de recherche (Figure 1) qui correspondant à la fois à l’activité clinique des services hospitalo-universitaires qui le composent et aux thématiques des équipes de recherche auxquelles sont affiliés les professionnels de santé :

• Thématique « Douleur » : les travaux de recherche sont menés par les équipes des Services Universitaires d’Odontologie, de Pharmacologie Médicale, du Centre de Pharmacologie Clinique, du Centre d’Évaluation et de Traitement de la Douleur, de Médecine légale du CHU de Clermont-Ferrand.
• Thématique « Pathologies Neurologiques (Sclérose en Plaque et Maladie de Parkinson) » : Les travaux de recherche sont portés par les deux Services Universitaires de Neurologie A et B dont l’activité clinique spécialisée porte plus spécifiquement respectivement sur la Sclérose en Plaque et la Maladie de Parkinson. Le service de Neurochirurgie qui participe aux travaux de cette thématique (plus spécifiquement à ceux sur la Maladie de Parkinson) est intégré dans l’axe, mais son activité de recherche principale relève de l’axe TechMed
• Thématique « Pathologies Psychiatriques (Trouble de l’humeur, Schizophrénie, Addiction) » : Cette thématique implique les services de Psychiatrie A et B du CHU de Clermont-Ferrand, et le service d’Addictologie clinique (composante du pôle de Psychiatrie).

La nutrition et la mobilité sont des éléments essentiels au maintien de la santé et de la qualité de vie. De nombreuses maladies chroniques s’accompagnent d’une perte de mobilité, de troubles métaboliques et nutritionnels, avec de multiples conséquences sur la morbi-mortalité et des surcoûts difficilement supportables pour nos systèmes de santé. Ainsi, les pathologies chroniques (cardio-respiratoires, rénales, métaboliques, ostéoarticulaires, inflammatoires ou cancéreuses) impactent directement la mobilité par un dysfonctionnement de l’appareil musculo-squelettique, du système nerveux et/ou du capital cardiorespiratoire et aussi en raison de perturbations métaboliques (insulinorésistance, inflammation, lipotoxicité, stress oxydant) exacerbées par nos conditions habituelles de vie (sédentarité, malnutrition). Cette perte de mobilité, conséquence de pathologies chroniques, est également la cause de multiples complications associées à la pathologie primitive, que l’on peut désigner sous le nom de comorbidités. Ces comorbidités entraînent elle-même un véritable cercle vicieux en aggravant l'incapacité physique. La perte de mobilité peut donc s’appréhender comme une complication de pathologies chroniques portant atteinte à l’intégrité des éléments nécessaires à la mobilité (muscles squelettiques et cardiaques, os, articulation, système nerveux, système cardiovasculaire et respiratoire) et comme un processus primitif qui va déterminer les comorbidités, le devenir fonctionnel à long terme et la morbi-mortalité.

Préserver la mobilité en ciblant le système locomoteur permet donc d’améliorer le pronostic fonctionnel des pathologies chroniques cardio-respiratoires, rénales, métaboliques, ostéoarticulaires ou cancéreuses, et de prévenir les comorbidités qui leur sont associées. Les traitements étiologiques des pathologies à l’origine de la perte de mobilité sont naturellement un levier essentiel pour lutter contre la perte de mobilité. Néanmoins, il apparaît nécessaire d’élargir la prise en charge en dépistant et prévenant les complications de la perte de mobilité, en combinant traitement étiologique et mesures spécifiques ciblant la mobilité. Ces dernières sont représentées par l’adoption d’apports alimentaires adaptés, la réduction de la sédentarité au cours d'une réadaptation appropriée. Cette vision globale intégrant les différents éléments de la mobilité repose sur des stratégies préventives et thérapeutiques innovantes et multimodales. Ces stratégies s’appuient sur des projets scientifiques cliniques et précliniques permettant de développer une recherche translationnelle dans ces domaines. Elle repose aussi sur des programmes de dépistage et d’éducation thérapeutique et sur des prises en charge multimodales combinant réentraînement à l’exercice, stratégies alimentaires, biothérapies et réadaptation.

Ainsi, le regroupement d’expertises issues des équipes cliniques et des unités de recherche en lien également avec le CRNH Auvergne permettent à l’axe Nutrition-Mobilité d’élaborer 3 thématiques de recherche :

• le dépistage et la caractérisation des perturbations de la mobilité, en particulier des troubles fonctionnels et métaboliques du système musculo-squelettiques, associés à l’étude des anomalies métaboliques issues des déséquilibres alimentaires et de la sédentarité qui altèrent la mobilité au cours des maladies chroniques et de leurs comorbidités
• l’élaboration et l’évaluation de nouvelles stratégies préventives et thérapeutiques améliorant la mobilité en particulier via l’alimentation, l’exercice physique et la réadaptation
• l’application de ces approches à la mise en place d’éducation thérapeutique du patient et de recommandations personnalisées pour la prise en charge de patients porteurs de troubles de la mobilité.

TECHMED se situe sur le domaine de la recherche technologique clinique, à l’origine de développements logiciels, matériels et de processus. Il s’agit de génie technologique médical qui s’étend aux processus où une dimension technologique au sens large fait partie, ou est l’objet principal, de la recherche clinique.

L’axe s’était fixé comme objectif principal sur le plan initial 2017-2021 de fédérer les acteurs du site, en se limitant strictement aux champs disciplinaires des services constituants. TECHMED est associé à des équipes de recherche labélisées de l’UCA pour une recherche appliquée translationnelle (bidirectionnelle) interdisciplinaire entre Sciences du Vivant et Environnement et Sciences et Technologies.

TECHMED couvre trois thèmes : les thérapies guidées par l’image (responsable Jean-Jacques LEMAIRE), les matériaux pour la santé et technologie pharmaceutique (responsable Valérie SAUTOU) et les plateaux techniques d’analyses biologiques (responsable Vincent SAPIN).