Le programme de recherche sur les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI), incluant la maladie de Crohn (MC) et la rectocolite hémorragique, porté par le professeur Anthony Buisson, comporte un volet de recherche clinique et un volet de recherche translationnelle en collaboration étroite avec l'unité M2iSH (UMR1071-Inserm/UCA/INRAe). Ces travaux font l'objet de partenariats industriels régionaux et internationaux, mais aussi institutionnels à l'échelon régional (AuRA), national (GETAID, Remind) et international (Europe, USA, Hong-Kong). Ces travaux sont également soutenus par les associations de patients (AFA Crohn-RCH). Le programme MICI s’intéresse aux stratégies de traitement incluant les séquences thérapeutiques (essai cliniques), la prévention de la récidive post-opératoire de la maladie de Crohn, les outils de suivi non invasif de l'activité inflammatoire (biomarqueurs, imagerie, outils numériques…) et leur acceptabilité par les patients MICI (collaboration étroite avec les associations de patients). Un volet translationnel porte sur le rôle du microbiote dans les MICI (plus spécifiquement les E. coli adhérents et invasifs, ou AIEC, dans la maladie de Crohn) et son interaction avec le système immunitaire (modèle d'interaction hôte-pathogène) pour développer des traitements ciblant le microbiote intestinal.