Les activités du site Estaing sont organisées autour de deux deux pôles cliniques :

• Pôle Femme Enfant (Pr Merlin) : Assistance Médicale à la Procréation (AMP) - CECOS, Chirurgie infantile, Génétique médicale, Gynécologie, Obstétrique, Pédiatrie générale et multidisciplinaire, Réanimation pédiatrique et périnatalogie, Service commun de gynéco-obstétrique, Hématologie et oncologie pédiatrique, Urgences pédiatriques et UHCD, Victimologie Enfants et Femmes Enceintes ;
• Pôle Spécialités médicales et chirurgicales (Pr Bay) : Odontologie et centre de soins dentaires, Médecine interne site Estaing, Dermatologie et oncologie cutanée, Thérapie cellulaire et hématologie clinique, Chirurgie digestive et hépatobiliaire, Unité de soins palliatifs, Chirurgie maxillo-faciale et chirurgie plastique, Hépato-gastro-entérologie, Oncologie générale.

Plusieurs pôles présentent par ailleurs une activité répartie à la fois sur le site Gabriel-Montpied et le site Estaing :

• Pôle Biologie Médicale et Anatomie Pathologique (Pr Poirier)
• Pôle Imagerie diagnostique et Radiologie interventionnelle (Pr Boyer)
• Pôle Médecine Péri-Opératoire (Pr Futier)
• Pôle Pharmacie (Pr Sautou)
• Pôle Santé Publique (Pr Gerbaud)
• Pôle recherche clinique (Pr Buisson) : Délégation à la recherche clinique  et à l'innovation (DRCI), Centre d'investigation clinique (CIC)