La pharmacie à usage intérieur (PUI) est chargée de répondre aux besoins pharmaceutiques de l'établissement. Elle assure la gestion, l'approvisionnement, la préparation, le contrôle, la détention et la dispensation des médicaments et des dispositifs médicaux stériles dans les services du CHU. Elle contribue à l’information sur le bon usage des produits de santé et à la sécurisation de la prise en charge médicamenteuse, en déployant notamment la pharmacie clinique. La dispensation des médicaments est assurée pour les patients hospitalisés ainsi qu’en rétrocession pour les patients nécessitant des médicaments non disponibles en ville. La PUI est autorisée à dispenser les médicaments expérimentaux, ce qui permet d’assurer la gestion et le suivi des essais cliniques menés dans l’établissement.

La pharmacie dispose également d’un plateau technique de production pharmaceutique. Y sont réalisées les préparations de chimiothérapies anticancéreuses injectables, de nutrition parentérale ainsi que d’autres préparations stériles et non stériles permettant de répondre aux besoins thérapeutiques en l’absence de spécialités commercialisées. La qualité de la production pharmaceutique est vérifiée au sein du laboratoire de contrôle-développement de la PUI. Via des conventions de sous-traitance, la PUI réalise des préparations pour d’autres établissements hospitaliers.
Elle assure également la stérilisation des dispositifs médicaux restérilisables pour les blocs opératoires de G. Montpied ainsi que pour le service d’odontologie.

Au-delà des activités hospitalières, les professionnels de santé de la PUI assurent des missions d’enseignement et de recherche. La pharmacie participe à l’axe de recherche Technologies Médicales du CHU via ses travaux sur les biomatériaux en collaboration avec l’UMR 6296 CNRS.